Считается, что тайные кланы ниндзя возникли в Японии одновременно с возникновением самурайского сословия в IX—XII веках. Прообразом ниндзя считаются секты горных отшельников ямабуси VIII века, исповедовавших направление буддизма школы Сингон. Ямабуси поощряли тяжёлые и изнурительные тренировки своих адептов, а также тщательно сохраняли собранные на протяжении веков знания по медицине, химии, астрологии. Ямабуси были приверженцами полного слияния с природой. Изначально тайные школы ниндзюцу не имели ничего общего с военными организациями ни по своей методике подготовки, ни по своей философии. Однако со временем произошли изменения.

Происхождение самого боевого искусства ниндзюцу связывают, как и большинство восточных искусств боя, с китайскими источниками. Однако термин «ниндзюцу» охватывает лишь немногие особенности искусства ниндзюцу, такие как утаивание, созидание и поддержание ауры таинственности. В функции ниндзя входило проникновение к врагу, совершение саботажа или убийства и возвращение после успешного завершения миссии.

Традиционно ниндзя выполняли роль наёмников, которые предлагали себя в качестве шпионов, наёмных убийц, диверсантов, политических провокаторов и террористов большим и маленьким правителям японской феодальной эпохи. Ниндзя предлагали свои услуги лишь тем, кто готов был за них платить. Семьи ниндзя представляли собой тесно сплочённые коллективы, интегрированные в более крупные группы — кланы. Посторонний человек практически не имел возможности присоединиться к такой группе и стать ниндзя, для этого нужно было родиться в семье профессионалов. Искусство и другие хитрости хранились под секретом и передавались только от отца к сыну. Раскрытие секрета означало смерть от руки ниндзя из того же клана.

Расцвет ниндзюцу пришёлся на период Сэнгоку Дзидай (1467—1568). На это время приходится пик феодальных войн, и тогда насчитывалось около 70 кланов ниндзя. Легенды о ниндзя тоже относятся именно к этому периоду. Документальные свидетельства подтверждают существование в эту эпоху школ Ига и Кога.

В японской культуре ниндзя часто противопоставляются самураям. Дело в том, что самураи превыше всего ставили идеалы воинского кодекса бусидо и в соответствии с ними стремились достойно сражаться и наилучшим образом подготовиться к смерти. Ниндзя исповедовали прямо противоположную философию. Главное для ниндзя — выполнить поставленную задачу, а так как основная их задача — разведка, то для успешного её выполнения необходимо было выжить любой ценой. Для ниндзя не могло быть запретных действий, не могли существовать какие-либо нравственные и религиозно-этические ограничения в методах ведения войны. Для достижения победы хороши любые средства, и ниндзя успешно все их использовали.